Агафонов, А. И. Область Войска Донского и Приазовье в дореформенный период / А. И. Агафонов ; Отв. ред. А. П. Пронштейн. - Ростов н/Д : Изд-во Рост.ун-та, 1986. - 192 с.

Агафонов, А. И. История Донского края (XVI - первая половина XIX века. Исторические источники и их изучение) / отв. ред. Н. А. Мининков. - Ростов н/Д : Приазовский край, 2001. - 384 с. + карты. - Примеч.:9 к. - Указ.имен.:с.342-379.

История донского казачества : учеб. пособие / А. В. Венков, А. И. Агафонов [и др.] ; РГУ; Отв. ред. А.В.Венков. - Ростов н/Д : РГУ, 2001. - 384 с. : ил.

Агафонов, А. И. Донские казаки. Грудь в крестах... из истории пожалований, наград и знаков отличия донского казачества XVI - начало XX века / А. И. Агафонов ; отв. ред. В. П. Трут ; Южный федер. ун-т . - Ростов-на-Дону : Изд-во Южного федерального ун-та, 2009. - 552 с. : ил.

Рассматривается становление и развитие наградной системы Российской империи. Книга является первым в отечественной историографии исследованием, посвящённым пожалованиям, наградам и знакам отличия донского казачества со времени его возникновения до начала ХХ века. Для ученых, специалистов, преподавателей, студентов вузов

Агафонов, А. И. Донские генералы в Военной галерее Зимнего дворца : в вечное сохранение и напоминание славных имен донских военачальников / А. И. Агафоновии. - Ростов-на-Дону : Изд-во Южного федерального ун-та, 2011. - 388 с.

Монография является исследованием, посвященным донскому генералитету в Военной галерее Зимнего дворца. Использованы архивные и опубликованные источники, портреты, батальная и бытовая живопись, большая часть которых впервые вводится в научный оборот. Для студентов исторических и гуманитарных вузов и всех, интересующихся историей донского казачества и Донского края.

Пронштейн, А. П. Заключение / А. П. Пронштейн, А. И. Агафонов // Дон и степное Предкавказье. XVIII - первая половина XIX в. (Социальные отношения, управление, классовая борьба). - Ростов н/Д: РГУ, 1977. - С.187-194.

Золотов, В. А. Классовая борьба и общественное движение на Дону и в Приазовье в первой половине XIX века / В. А. Золотов, А. И. Агафонов // Дон и степное Предкавказье. XVIII - первая половина XIX в. (Социальные отношения, управление, классовая борьба). - Ростов н/Д: РГУ, 1977. - С.129-153.

Пронштейн, А. П. Управление на Дону и в Приазовье в первой половине XIX века / А. П. Пронштейн, А. И. Агафонов
// Дон и степное Предкавказье. XVIII - первая половина XIX в. (Социальные отношения, управление, классовая борьба). - Ростов н/Д: РГУ, 1977. - С. 70-88.

Агафонов, А. И. А. В. Фадеев : (1908-1963) / А. И. Агафонов // Путями познания: Биограф. очерки о видных ученых Рост. гос. ун-та/ Отв. ред. В. И. Филоненко. - Ростов н/Д, 1985. - С.229-233.

Агафонов, А. И. История Дона эпохи феодализма в современной советской исторической литературе / А. И. Агафонов // Известия СКНЦ ВШ. Общественные науки. - 1990. - N 3. - С. 68-80.

Агафонов, А. И. Донское дворянство в конце XVIII - первой половины XIXвека / А. И. Агафонов // Проблемы социально-экономической истории и революционного движения на Дону и Северном Кавказе (XIX - начала XX вв.). - Ростов н/Д,1992. - С. 21-39.

Агафонов, А. И. Казачество и внешняя политика Российского государства / А. И. Агафонов // Международная жизнь. - 1992. - N 3-4. - С. 55-64.

Агафонов, А. И. Советская историография Донского края эпохи феодализма в начальный период становления и развития (1917 - первая половина 30-х годов) / А. И. Агафонов // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. - 1993. - N 1-2. - С. 34-47.

Агафонов, А. И. Казачество Российской империи : некоторые историографические и методологические проблемы изучения / А. И. Агафонов // Проблемы истории казачества XVI-XX вв.: материалы III Всесоюз. конф. по истории казачества. - Ростов н/Д: Изд-во Рост.ун-та,1995. - С.19-27.

Агафонов, А. И. Донское казачество во второй половине XVI-XVII вв. в записках, дневниках и воспоминаниях современников / А. И. Агафонов // Исторические этюды/ РГУ, Ист. фак.; Под ред. И.М. Узнародова. - Ростов н/Д: РГУ, 1998. - Вып. 3. - С. 78-91. - Библиогр.: 47 назв.

Агафонов, А. И. История Дона и Северного Кавказа в трудах А. П. Пронштейна / А. И. Агафонов // История: научные поиски и проблемы: (Памяти доктора исторических наук, профессора А. П. Пронштейна). - Ростов н/Д, 2000. - С. 83-100. - Библиогр.: 26 назв.

Агафонов, А. И. Картографические материалы и географические известия XVI- начала XVIII вв. как источники по истории Донского края / А. И. Агафонов // Исторические этюды/ РГУ, Ист. фак.; Под ред. И.М. Узнародова. - Ростов н/Д: РГУ, 2000. - Вып. 4. - С. 56-74. - Библиогр.: 44 назв.

Агафонов, А. И. Историк и краевед Николай Семенович Коршиков (1935-2001 гг.) : штрихи к портрету ученого / А. И. Агафонов // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. - 2001. - N 3. - С. 36-40. - Библиогр.: 15 назв.

Агафонов, А. И. Земля Донская XVI-первой половины XIX в. глазами иностранцев. Ч.1 / А. И. Агафонов // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. - 2002. - N 2. - С. 3-7. - Библиогр.: 30 назв.

Агафонов, А. И. Земля донская XVI-первой половины XIX в глазами иностранцев : Ч.2 / А. И. Агафонов // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. - 2002. - N 3. - С. 20-27. - Библиогр.: 39 назв.

Агафонов, А. И. Николай Семенович Коршиков / А. И. Агафонов // Донской временник. Год 2002-й: краеведческий библиотечно-библиографический журнал. - Ростов н/Д: Донской издательский дом, 2001. - С. 29-34. - Библиогр.: 11 назв

Агафонов, А. И. Донские казаки: грудь в крестах : из истории пожалований, наград, знаков отличия XVI - начала ХХ в. / А. И. Агафонов // Донской временник. Год 2002-й: краеведческий библиотечно-библиографический журнал. - Ростов н/Д: Донской издательский дом, 2001. - С. 56-63. - Библиогр.: 23 назв.

Агафонов, А. И. [Рецензия] / А. И. Агафонов // Донской временник. Год 2002-й: краеведческий библиотечно-библиографический журнал. - Ростов н/Д, 2001. - С. 243-245. - Рец. на кн.: Мининков Н. А. Донское казачество а эпоху позднего средневековья (до 1671 г.). - Ростов н /Д, 1998.

Агафонов, А. И. История Донского края на страницах изданий Донской епархии второй половины XIX - начала XX века / А. И. Агафонов // De die in diem: памяти А. П. Пронштейна (1919-1998) : сб. ст. - Ростов н/Д: Изд-во СКНЦ ВШ, 2004. - С. 217- 240.

Агафонов, А. И. Исследователь донского фольклора : (памяти Б. Н. Проценко) / А. И. Агафонов. - С. 13-15. - фото.

Агафонов, А. И. Александр Павлович Пронштейн / А. И. Агафонов. - С. 19-23. - фото.

Агафонов, А. И. Орден Святого Апостола Андрея Первозванного / А. И. Агафонов. - С. 46-47.

Агафонов, А. И. Орден Святого Великомученика и Победоносца Георгия / А. И. Агафонов. - С. 139-140.

Агафонов, А. И. Донские казаки. Грудь в крестах ... : (из истории пожалований, наград и знаков отличия донского казачества XVI - начала XX в.). Ч.2. / А. И. Агафонов // Донской временник. Год 2004-й: краеведческий библиотечно-библиографический журнал. - Ростов н/Д: ДГПБ, 2003. - С. 181-204. - Начало см.: Донской временник. Год 2002-й. - Библиогр.: 74 назв.

Агафонов, А. И. [Рецензия] / А. И. Агафонов. - С. 224-226. - Рец. на кн.: Казачество: энциклопедия / Гл. ред. А.П.Федотов. - М.: ИНФРА -М, 2003. - 400 с.

Агафонов, А. И. [Рецензия] / А. И. Агафонов // Донской временник: год 2005-й: краеведческий библиотечно-библиографический журнал: краевед. библ.-библиогр. журн. - Ростов н/Д, 2004. - С. 226-228. - Рец. на кн.: Отечественная война 1812 года: энциклопедия . - М.: РОССПЭН, 2004. - 878 с.

Агафонов, А. И. За веру и верность : (из истории пожалований, наград и знаков отличия донского казачества XVI-XVIII вв.) / А. И. Агафонов // Казачество России: прошлое и настоящее: сборник научных статей. - Ростов-на-Дону : Изд-во Южного научного центра РАН, 2008. - Вып. 2. - С. 131-162. - Кафедра специальных исторических дисциплин и документоведения ЮФУ. - Библиогр.: 140 назв.

Агафонов, А. И. Донская дворянская геральдика / А. И. Агафонов // Казачество России: прошлое и настоящее: сборник научных статей. - Ростов-на-Дону : Изд-во Южного научного центра, 2010. - Вып. 3. - С. 80-108. - Кафедра специальных исторических дисциплин и документоведения ЮФУ. - Библиогр.: 73 назв.

Агафонов, А. И. Казачество и власть в Российском государстве : (конец XVI - первая половина XIX вв.) / А. И. Агафонов // Возрождение казачества (история, современность, перспективы): тез. докл., сообщ., выступ. на V Междунар.(Всерос.) науч. конф. - Ростов н/Д: НМЦ Логос, 1995. - С.33-34.

Агафонов, А. И. "Платовские чтения". Научно-практическая конференция (Новочеркасск, 2003, август) / А. И. Агафонов // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Общественные науки. - 2003. - N 4. - С.113-115.

Агафонов, А. И. Этнодемографические процессы и политика правительства на Дону в XVI 0 первой половине XIX вв. / А. И. Агафонов // Национальные элиты и проблемы социально-политической и экономической стабильности: материалы Всерос. науч. конф. (9-10 июня 2009 г., Ростов-на-Дону). - Ростов н/Д : Изд-во ЮНЦ РАН, 2009. - С. 14-17. - Кафедра специальных исторических дисциплин и документоведения ЮФУ.

АГАФОНОВ Анатолий Иванович